Durch das BMF-Schreiben vom 7. März 2013 wurde die lang erwartete geänderte Auffassung der Finanzverwaltung zum Merkmal der organisatorischen Eingliederung veröffentlicht. Die organisatorische Eingliederung ist für die umsatzsteuerliche Organschaft eine der Voraussetzungen neben der finanziellen und wirtschaftlichen Eingliederung der Organgesellschaft in den Betrieb des Organträgers.
Wesentliche Voraussetzung für die Annahme einer organisatorischen Eingliederung ist danach, dass der Organträger seinen Willen bei der Organgesellschaft durchsetzen kann und dies auch tatsächlich erfolgt. Damit ist auf jeden Fall dann von einer entsprechenden Eingliederung auszugehen, wenn in die Geschäftsführungsgremien beider Gesellschaften personenidentisch sind oder zumindest leitende Mitarbeiter des Organträgers die Geschäftsführung der Organgesellschaft ausüben. Darüber hinaus kann eine organisatorische Eingliederung aber auch dann bestehen, wenn der Organträger ein umfassendes Weisungsrecht gegenüber der Geschäftsführung der Tochter besitzt, z.B. abgesichert durch einen Beherrschungsvertrag oder schriftlich niedergeschriebene Geschäftsführerordnungen oder Konzernrichtlinien.
Für die Zeit bis 1. Januar 2014 gilt eine Übergangsfrist. Danach haben Unternehmen, die vor dem 1. Januar 2013 von einer organisatorischen Eingliederung ausgegangen sind, die jedoch nach der aktuellen Verwaltungsauffassung zu verneinen ist, bis dahin die Zeit, organisatorische Anpassungen vorzunehmen, um die Fortgeltung der umsatzsteuerlichen Organschaft sicherzustellen.