Zu Beginn des Jahres 2013 haben der Bundestag und der Bundesrat Anpassungen bei den steuerlichen Organschaftsregelungen vorgenommen.
Danach ist es nicht mehr zwingend erforderlich, dass die Organträgerin Sitz und Ort der Geschäftsleitung im Inland hat. Vielmehr reicht es dann, dass der Ort der Geschäftsleitung im Inland ist und so die Voraussetzungen der unbeschränkten Steuerpflicht in Deutschland erfüllt sind.
Die steuerliche Anerkennung der Organschaft setzt ferner voraus, dass der Ergebnisabführungsvertrag ordnungsgemäß durchgeführt wird. Bisher bestanden bereits dann Zweifel an einer ordnungsgemäßen Durchführung, wenn aufgrund einer (versehentlich) fehlerhaften Bilanz das in dieser Bilanz ausgewiesene Ergebnis abgeführt wurde (und nicht dass in einer theoretisch fehlerfreien Bilanz ausgewiesene Ergebnis). Zukünftig gefährdet eine fehlerhafte Bilanz die Anerkennung der Organschaft nicht, wenn diese Bilanz ordnungsgemäß festgestellt wurde, der Fehler im nächsten offenen Jahresabschluss korrigiert wird und ein gewissenhafter Kaufmann diesen Fehler nicht bereits bei Bilanzaufstellung hätte erkennen müssen. Dies gilt insbesondere dann, wenn ein uneingeschränktes Testat eine Wirtschaftsprüfers zu der Bilanz vorliegt.
Daneben wurde lange darüber diskutiert, wie die Regelung zur Verlustübernahme im Ergebnisabführungsvertrag formuliert und ggf. der Verweis auf § 302 AktG in der Klausel enthalten sein muss, damit der Vertrag anerkannt wird. Zukünftig fordert das KStG, dass ausdrücklich auf § 302 AktG in der jeweils gültigen Form verwiesen wird. Daneben ist vorgesehen, dass bereits bestehende Ergebnisabführungsverträge in diesem Punkt bis zum 31. Dezember 2014 anzupassen sind, sofern der Verweis auf § 302 AktG nicht bereits in dieser Form enthalten ist.
Bislang wurde das Einkommen der Organgesellschaft nur im Rahmen einer „Mitteilung an den Organträger“ festgehalten. Ab dem Jahr 2014 soll das Einkommen der Organgesellschaft formal im Rahmen einer gesonderten und einheitlichen Feststellung als Grundlagenbescheid für den Steuerbescheid des Organträgers festgesetzt werden.